作業画面上ではTypekitフォントが反映されるものの書き出したHTMLには反映されないので検証してみました。

▽HTMLで書き出し、手動でアップロードした場合はTypekitフォントを非表示
http://y-kishioka.com/muse-sample/typekit01/index.html
▽FTPホストにMuse上から直接アップロードを行った場合はTypekitフォントを表示
http://y-kishioka.com/muse-sample/typekit02/index.html
▽Business Catalystにパブリッシュを行った場合はTypekitフォントを表示
http://typekit08.businesscatalyst.com/index.html

▽アップロードされる書類は両者とも同じ
・index.html
・sitemap.xml
・muse_manifest.xml
・css/index.css
・css/site_global.css
・scripts/whatinput.js
・scripts/museutils.js
・scripts/jquery,watch.js
・scripts/jquery-1.8.3.min.js

▽両書類の違いはindex.html内の特定箇所

・typekit01/index.html

・typekit02/index.html

▽試しにHTMLで書き出したindex.htmlに
typkit02／index.html内の特定箇所をコピー＆ペースト後、
手動でアップロードした場合はTypekitフォントを表示されました。
http://y-kishioka.com/muse-sample/typekit03/index.html